Theo âm lịch của Nhật Bản, ông lên ngôi từ ngày 22 tháng 10 năm 1331[4] cho đến ngày 07 tháng 7 năm 1333[5]. Tuy nhiên trên thực tế, thân vương lên ngôi không dễ dàng gì với trợ giúp của Mạc chúa Ashikaga Takauji, ông tướng quyết lòng phò vua để giữ gìn an nguy đất nước. Tân vương bị vướng vào cuộc đấu tranh dữ dội giữa tướng Takauji với Thiên hoàng Go-Daigo khi ông này bất ngờ bị Takauji tấn công và đánh đuổi. Go-Daigo chạy về Yoshino, tập hợp quân để chống lại "thỏa thuận" của Mạc phủ Kamakura quy định ngai vàng sẽ luân phiên giữa các dòng Daikakuji và Jimyōin, mỗi dòng là mười năm cai trị.

Cuối năm 1331, sau khi cuộc tấn công cuối cùng của Thiên hoàng Go-Daigo tiến đánh tướng quân Ashikaga thất bại, ông ta bị bắt và bị đày ra đảo Oki. Ngày 22/10/1331, thân vương Kazuhito chính thức lên ngôi, lấy hiệu là Thiên hoàng Kōgon. Nhưng Go-Daigo đã trốn khỏi nơi giam giữ, tập hợp lực lượng và chống lại tân Thiên hoàng Kōgọn. Trong triều đình, Ashikaga Takauji đang gây sức ép với tân Thiên hoàng Kōgon đòi được phong chức Shogun. Để gây sức ép với Thiên hoàng, Takauji xuất quân đánh bại tàn dư của phe Kamakura do Hōjō Nakatomi và Hōjō Tokimasu tổ chức, truy đuổi và bắt được họ tại tỉnh Omi. Lợi dụng khi Takauji vắng mặt, cựu hoàng Go-Daigo nổi dậy đánh đổ Thiên hoàng Kōgon, nắm lại quyền lực của ông ta (tức Go-Daigo). Thời kỳ Go-Daigo nắm lại được quyền lực gọi là Kiến Vũ tân chính (1333 - 1336).

Tuy vậy, triều Go-Daigo không hề có kinh nghiệm quản lý lẫn quyền lực tại các tỉnh để giải quyết thực tế của một xã hội do các võ sĩ làm chủ. Chính ông ta từ chối phong  Ashikaga Takauji làm Shogun, nên năm 1336 Go-Daigo bị thất bại trước cuộc tấn công của Takauji. Ông bị buộc phải rời ngôi, rút về Yoshino cố thủ và lập Nam triều Thiên hoàng đối lập với Bắc triều của Kōgon. Riêng Ashikaga Takauji cũng lập Mạc phủ mới họ Ashikaga đứng đầu, gọi là Mạc phủ Muromachi.

Tháng 9/1336, sau khi đánh đuổi Go-Daigo về nam, Ashikaga Takauji đưa em trai của cựu hoàng Kōgon là thân vương Yutahito lên ngôi và lấy hiệu là Thiên hoàng Kōmyō.